Das Chott el Djerid liegt auf Höhe des Meeresspiegel in einem tertiären Grabenbruch am Südrand des Atlasgebirges und ist durch Zuflüsse aus den nördlichen Bergen entstanden, die aus dem Gestein herausgespülte Salze mit sich führen und in der heißen Salzsenke rasch verdunsten. Die Verdunstungskapazität liegt hier 25 mal höher als der Niederschlag. Als Folge zeigt sich der Chott als schmutzig braune Wüste salzhaltigen Schlamms, der teilweise vom Wüstensand überweht und von einem dünnen Salzkristallteppich überzogen ist. Gelegentlich findet man aber auch dicke, aufgebrochene, weiß-bläuliche Salzkrusten mit herrlichen Kristallformationen. Während im Sommer das Chott fast vollständig austrocknet, entstehen im Winter sowie insbesondere nach dem Frühjahrsregen (März bis Mai) häufig größere Salzwasserlachen und - vor allem an den Rändern - metertiefe Salzsümpfe, die durch bestimmte, salzwasserresistente Algen eine rote Färbung annehmen. Die Zuflüsse reichen jedoch niemals aus, den Chott vollständig zu füllen.

Tief unter dem Salzsee lagern mächtige fossile Grundwasserstöcke, die an manchen Stellen als Süßwasserquellen zu Tage treten und auch die angrenzenden Oasengebiete bewässern. Jedoch hat sich der Grundwasserspiegel hier und anderswo in Tunesien bereits so stark abgesenkt, dass es praktisch in etwa 20 Jahren kaum noch Grundwasserreserven geben soll. Der angeblich glorreiche Plan der Regierung stattdessen dann das Grundwasser aus 2.000 m Tiefe zu fördern, wird dem ganzen Schaden wohl noch einen drauf setzen. In den Bereichen der Grundwasserquellen und der anschließenden Oueds finden sich besonders schöne Salzkristallformationen und auch Sandrosen. Diese Gipsausblühungen in kreuzweise geschichteten Kristallisationsplatten werden in allen südtunesischen Oasen als Souvenirs verkauft (siehe Graphik einer sogenannten Sandrose).

Ein besonderes Erlebnis stellen die vor allem im Sommer bei hochstehender Sonne auftretenden Luftspiegelungen (Fata Morgana) dar.

Bis vor wenigen Jahren war die Durchquerung des Chotts noch abenteuerlich und gefährlich, denn die von den Franzosen angelegte Dammstraße war teilweise zerstört und ohnehin sehr vernachlässigt worden; nach Regenfällen waren sie praktisch überhaupt nicht passierbar. Seit ein paar Jahren ist jedoch die 1979 begonnene Asphaltstrecke auch für Pkw und Touristenbusse durchgehend befahrbar. Seitdem haben sich die Chott-Durchquerungen beträchtlich erhöht. Im übrigen sollte man der Versuchung die Straße zu verlassen widerstehen, denn die Oberfläche ist trügerisch und bereits 30 cm unter ihr stößt man auf eine Wasserschicht; bricht erst einmal die harte Kruste, hilft auch kein Allradantrieb mehr!